1895年甲午战争战胜，日本得到台湾领土。为了获取殖民经济资源，日本于台湾设置的最高行政机关 – 台湾总督府，开始于台湾进行大规模樟脑开发。总督府辖下设置樟脑局来进行樟脑产制与专卖。其中，樟脑所需樟木培栽开发不但遍及台湾西部山区，也远至多为台湾原住民居住的花莲地区。
1906年夏天，日本知名私人企业贺田组于花莲威里社设置的樟脑工场爆发激烈冲突。多为太鲁阁族的制樟脑劳方与日人为主的资方，因为劳资纠纷产生激烈战斗。战斗中，日方共有32人身亡。因为被害日人均被割取头颅，也有人认为事件起因之一，亦是该太鲁阁族威里社居民举行出草仪式所导致。经清算，死亡日人当中，包含了樟脑场内担任技术员的井上伊之助父亲 – 井上弥之助。
一九○六年七月卅一日，消息传回到日本时，井上伊之助原本是神学院的毕业生，刚好正在参加一场日本基督教会举办的灵修会，当他听到父亲被台湾原住民杀死的消息之後，心中非常悲愤，一直问说为什麽会这样？也很激动地表示一定要去台湾替父亲「报仇」！
那次的灵修会演讲者当时正在讲解圣经信息「要爱你们的仇敌」（参考马太福音五：四四），随即他脑海中想起了耶稣所说的话：「两只麻雀固然用一个铜钱就买得到，但是你们的天父若不许可，一只也不会掉在地上。」（马太福音十：二九）使他猛然醒悟过来，认为父亲的死，必定有上帝的旨意。就在此时，耳边听到一丝轻微的声音告诉他：「最好的报复方式，就是用爱胜过恶」（参考罗马书十二：二一）。他终於明白圣经的教训：生命中最大的力量就是爱，也只有爱才能改变人，并不是军事武器，也不是政治势力，而是爱！因为只有爱，才能使人与人之间的仇恨消弭、平息。於是，他决定要到台湾来传耶稣福音的爱给原住民听。
当时日本政府的「理蕃政策」，正在有计画地要将原住民的宗教信仰全部「神道化」，因此禁止任何传道者进入原住民部落传福音。井上伊之助知道这种限制之後，就进入医学院读书。一九一一年八月，他终於通过医师许可證，并随即在同年十月十六日来台湾，且获得准许进入原住民社区从事医疗工作。其实他真正的目的是要用医疗服务来传耶稣的福音给原住民，他说这是最好的「报仇」方式。不是用仇恨，而是用真心的爱来回应原住民杀死他父亲的悲痛。就这样，他的足迹遍佈罗东、花莲、桃园、新竹、南投雾社等原住民部落，长达卅五年之久。他在走过的部落里设立医疗站，医治原住民身体的疾病，并同时传福音给他们，滋润他们的心灵。
但是经过叁十五年的努力，当日本战败必须离开台湾时候，井上先生自己在回忆录上这样写，「我觉得很失败，这麽多年来没有一个人来信耶稣，我所做的一点果效也没有，我实在是愧对上帝」。没想到当日本来离开之後，许多宣教师进入台湾的原住民中宣教，许多原住民马上就相信了，因为他们曾经听过井上伊之助和他们讲过耶稣，原住民一个部落接著一个部落信主，台湾原住民信主被称为二十世纪的宣教奇蹟。
後来有一天井上先生年老时，他在医院住院中，那时专门以培养原住民传道人的玉山神学院院长高俊明牧师去看他，说到台湾原住民信主的事蹟，井上先生感动地流上眼泪说：「我只是一个撒种的人，是上帝教它生长」。
撒种的和收割的一同快乐。井上伊之助後来被原住民称之为「台湾原住民医疗之父」，「台湾原住民宣教之父」．